Bizanslılar tərəfindən kilsə kimi inşa edilən Aya Sofya məbədi, Konstantinopolun (İstanbul) Osmanlı dövləti tərəfindən fəthindən sonra məscidə çevrilib. Türkiyə Cümhuriyyəti elan olunduqdan sonra isə muzey kimi fəaliyyət göstərib. Tarixi abidənin statusu respublika dövründə hər zaman mübahisəli olub və siyasətçilər bu vəziyyəti dəyişmək üçün müxtəlif təşəbbüslər irəli sürüb.
1922-ci ildə martın 30-da türk şairi Yəhya Kamal belə deyib: “Mən bir həqiqəti başa düşdüm: Bu dövlətin iki mənəvi əsası var: Azan (müsəlmanlar üçün namaza çağırış) hansını ki, Aya Sofyanın minarəsindən səslənməsi əmrini Sultan Mehmed Fateh verib və hələ də oxunur. Quran, hansını ki, Sultan I Səlim Topqapı sarayındakı Hırka-i Səadət Dairəsində oxumağı əmr verib və hələ də oxunur”.
İstanbulun rəmzlərindən biri olan Aya Sofya, 360-ci ildə Roma İmperatoru Konstantin tərəfindən taxtadan tikilib. Lakin 404-ci ildə baş vermiş üsyan zamanı qismən yandırılıb. Sonralar 415-ci ildə bina imperator Feodosi tərəfindən bərpa olunub. 532-ci ildə “Nika” üsyanı zamanı yenidən yandırılan bina, imperator I Yustinian tərəfindən təkrar olaraq, amma bu dəfə daşdan ucaldılıb. Beş il sürən tikinti işlərindən sonra, 537-ci ildə hazırda gördüyümüz bina, 3-cü Aya Sofya bir daha ibadət üçün qapılarını insanların üzünə açıb. Tərcümədə “Aya Sofya” İsa Peyğəmbərin xüsusiyyətlərindən biri olan “Müqəddəs Müdriklik” deməkdir.
Deyilənə görə, I Yustinian insanlara yuxusunda onun yanına gələn və gümüş boşqabda Aya Sofyanın şəklini imperatora göstərən müqəddəs haqqında danışıb. Memar da imperatora eyni yuxunu gördüyünü deyəndə, bu ilahi əlamət üzrə dərhal kilsənin inşasına başlanılıb. Lakin, Aya Sofya adı yalnız İstanbulda ucaldılan möhtəşəm binaya verilməyib. Bizans imperiyası tərəfindən idarə olunan bir çox şəhərlərdə bu adda bir neçə ibadət evi olub. Ancaq onlardan heç biri İstanbuldakı Aya Sofya qədər məşhur deyil. Bizans imperiyası dövründə, bütün mərasimlər və dini görüşlər Aya Sofyada keçirilib. Onun günbəzi tarix boyu bir neçə dəfə uçub və sonralar yenidən yüngül materialdan qurulub. 
Məbəd dünyada ən böyük günbəzə malik olması sayəsində məşhurlaşıb. Güclü işıqlandırma və akustikası olan bu möhtəşəm ibadət evini görənlər öz təəccübünü gizlədə bilməyib. XI əsrdə Ayasofiyanı ziyarət edən rusiyalı nümayəndə heyəti söyləyib ki, onlar özlərini sanki səmada hiss ediblər.
XIII əsrdə səlibçilərin (xaçlıların) işğalından sonra, Aya Sofya, xarabazarlığa çevrilib. Xaçlıların komandanı və 1205-ci ildə həlak olmuş venesiyalı Enriko Dandolonun (42-ci Venesiya Doju) məzarı Aya Sofya məbədinin içərisində yerləşir. 1453-ci ildə İstanbulun türklər tərəfindən fəthindən əvvəl Bizans imperatoru Aya Sofya günbəzində əmələ gələn çatlara görə Osmanlı Sultanı II Muraddan yardım istəyib. Ədirnədən Əli Nəccar adlı memar göndərilib və bina xilas edilib. Geri qayıtdıqdan sonra memar Osmanlı sultanına məlumat verib və deyib: “Mən minarələr üçün yer də hazırladım”.
Bu cümlə ona işarə idi ki, inanca görə müsəlmanlar bir gün İstanbulu fəth edəcək və Aya Sofya məscidə çevriləcək. Türklər İstanbulu mühasirəyə alarkən, bizanslılar əvvəlki şöhrətini itirən Aya Sofyada sığınacaq tapıb. Bu zaman onlar dua edib və İstanbulun hamisi Müqəddəs Məryəmdən möcüzə gözləyiblər. Lakin Məryəm Ana türklərin tərəfində olub.
II Mehmed şəhəri fəth etdikdən sonra, bomboş qalan Aya Sofyanın günbəzinə çıxıb və fars şairi Sədi Şirazinin məşhur beytini söyləyib: “Hökmdarın sarayında hörümçək pərdə toxuyur. Əfrasiyabın qəsrində bayquş növbə tutur”.
Döyüşlə alınan bütün ibadət yerləri İslam qanunlarına görə hökmdarın mülkiyyəti hesab olunur.
Osmanlılar İstanbulu fəth etdikdən sonra şəhərin ən böyük ibadət məkanı olan Aya Sofyanı məscidə çevirib. Çünki Cümə günü olduğundan müsəlmanlara öz ibadətlərini yerinə yetirmək lazım idi. Kilsə 1453-ci ildə iyun 1-də məscid elan olunduqdan sonra Aya Sofya Məscidi və ya Fetih Cami adlandırılıb. Sultan II Mehmed məbədin binasını bərpa etdirərək, minarə ucaldıb.
Ondan sonra taxta çıxan oğlu Sultan II Bəyazid bir minarə, nəvəsi Sultan II Səlim isə daha iki minarə inşa etdirib. Bu səbəbdən də Aya Sofyanın bütün minarələri bir-birindən fərqlənir. Sultan II Səlim məbədin inkişafına böyük töhfələr verib və 1574-ci ildə məscidi tamamilə bərpa etdirib. Sultan II Səlim və onun nəslindən olan digər dörd sultan da Aya Sofya Məscidinin həyətində dəfn olunub. Hansı ki, Osmanlı məqbərə sənətinin ən gözəl nümunələrindən hesab olunur.
Demək olar ki, II Səlimdən sonra bütün sultanlar məscidə xidmət göstərib. Vəqflərdən daxil olan gəlir sayəsində divarlarda yazılan müqəddəs kəlamlardan mozaikalara qədər bir çox bir çox zərif sənət əsərləri məscidin interyer və eksteryerinə əlavə olunub.
Sultan I Mahmud tərəfindən yaradılan kitabxana və şadırvan (dəstəmaz almaq üçün istifadə olunan bulaq) çox vacibdir. Nəhayət, 1847-ci ildə Sultan Abdülməcid, memar Fossatiyə binanı hərtərəfli təmir etməyi tapşırır və bir sıra yeni əlavələr etdirir. Aya Sofya, Bizans dövrünə aid bir tikilidir, lakin bugünə kimi gəlib çatdığı üçün Osmanlılara borcludur. Bizans dövründən bəri Aya Sofya haqqında bir çox dini hekayə və rəvayətlər söylənilib və türklər bunda fərqli bir müqəddəslik görüblər. Bu baxımdan Aya Sofyanı Bizans əvəzinə bir Osmanlı tikilisi hesab etmək düzgün olardı.
Sultanlar və dövlət adamları Topkapı Sarayının yaxınlığında yerləşən bu məsciddə tez-tez namaz qılardılar. Xüsusilə, sultanın iştirakı ilə Ramazan ayının 27-ci gecəsi olan Qədr gecəsində (Laylat əl-Qədr) təravih duası möhtəşəm olurdu. Bundan başqa Aya Sofya, Məhəmməd Peyğəmbərin doğum günü olan Mövludun keçirilməsi üçün dini mərasimlərin baş tutduğu ən çox istfadə olunan məkan olaraq da seçilirdi. Bu mərasimlər mənəvi baxımdan çox vacib idi və şəhər əhalisi də orada iştirak edirdi. Bu zaman hər kəsə müxtəlif şirniyyatlar təqdim olunurdu. Osmanlılar Aya Sofyanı İstanbul üzərində suverenliyin rəmzi hesab edirdilər.
Müttəfiqlərin 1918-ci ildə İstanbula girməsindən sonra yunanların bir qismi, Aya Sofya üzərində zəng çalınmaqla, məscidin yenidən kilsəyə çevrilməsini istəyib. Sultan Vahidəddin, öz müdafiəsi üçün ayrılmış 700 xüsusi əsgəri Aya Sofyanın ətrafına yerləşdirərək, onlara məscidin üzərində zəng çalmağa çalışan hər kəsi vurmağı əmr edib. Yunanların istəyinin qarşısının alınması üçün son çıxış yolu kimi məbəd dinamitlə əhatə olunub. Sultanın bu addımı sayəsində Aya Sofyanın bir məscid kimi ömrü biraz da uzanıb.
17-ci əsrdə yaşamış Osmanlı tarixçisi və səyyahı olan Övliya Çələbi, Aya Sofyanın 361 qapısının olduğunu və bunlardan 100-nün tilsimli olduğunu söyləyib. Övliya Çələbi həmçinin heç kimin görə bilmədiyi bir qapıdan da bəhs edib. Əsas girişin baş tərəfində məscidin ortasında yerləşən sarı rəngli sarkofaqın kraliça Sofiyaya aid olduğu və toxunulacağı təqdirdə zəlzələyə səbəb olduğu deyilir. Bizanslılar şəhər mühasirədə olan zaman son dəfə dini ayin keçirən keşişin mehrab divarına girərək yoxa çıxdığını və İstanbulun yenidən türklərdən alındıqdan sonra mərasimi davam etdirəcəyinə inanırdılar.
Qiblə qapısının qanadlarının Nuh peyğəmbərin gəmisinin ağacından düzəldildiyi deyilir. Keçmiş zamanlarda tacirlər bu qapıya toxunmadan və onun qarşısında namaz qılmadan yola çıxmazdılar. Bundan başqa, Aya Sofyanın cənub tunellərində yerləşən mərmər daşın İsa Məsihin beşiyi olduğuna da inanılır. Qadınlar xəstə və yeni doğulmuş uşaqlarını bu mərmər daşın üstünə qoyaraq, Allahdan övladlarına şəfa diləyərdilər. Tənginəfəslikdən əziyyət çəkənlərin Aya Sofyanın içindəki quyudan üç dəfə acqarına su içdikləri təqdirdə sağalacaqlarına da inanılır.
Cümhuriyyət dövrü
1931-ci ildə, İsmət İnönü hökuməti dövründə arxeoloq Tomas Vittemor, Amerika Bizans İnstitutu adından Aya Sofya məscidindəki mozaikaların yenilənməsinə icazə istəyib.
Bizans İnstitutunun arxasında Jon D. Rokefellerin ortağı Çarlz R. Kreyn dayanırdı. O, Türkiyə İstiqlaliyyət müharibəsi (Türk Qurtuluş Savaşı), və ya Milli Mübarizə (Milli Mücadele) zamanı dəstəklədiyi o zamankı prezident Mustafa Kamal Atatürkdən Aya Sofyanın gələcəyi ilə bağlı vəd alıb.
Muzey ideyası da elə o zaman ortaya çıxıb. Atatürk, biri alman olmaqla 9 nəfərdən ibarət bir komissiya yaradıb. Professor Ekhard Ungerdən başqa hər kəs məscidin bağlanmasını tövsiyə edib. Bununla belə, Ekhard məscidin namaz qılmaq üçün istifadə olunacağı təqdirdə daha yaxşı qalacağına inanırdı. 24 Noyabr 1934-cü ildə Nazirlər Şurası, Aya Sofyanın namaz üçün istifadə edilməyən bəzi hissələrinin, kifayət qədər pul olmaması səbəbi ilə muzeyə çevriləcəyi ilə bağlı qərar verib. Beləliklə, Aya Sofya, 11 əsr boyunca kilsə, 5 əsr ərzində məscid kimi fəaliyyət göstərdikdən sonra 1935-ci ilin fevral ayının 1-də muzey olaraq qapılarını insanların üzünə açıb.
Fərmanda namaz qılmaq üçün məscidin bağlanması barədə heç nə deyilməyib. Ancaq tarixi artefaktlara cavabdeh olan o zamankı Təhsil naziri Abidin Özmen tərəfindən Baş nazirə göndərilən təklifin mətni əsl niyyəti ortaya qoyub. Orada deyilir: “Aya Sofyanın muzeyə çevriləcəyi təqdirdə, İstanbulun turistik dəyəri ikiqat artacaq. Aya Sofyada namaz qılanlar yaxınlıqdakı digər bir çox böyük və ya kiçik məscidlərdə öz dini ibadətlərini asanlıqla yerinə yetirə bilərlər.” Həmin dövr ərzində Aya Sofya namaz qılmaq üçün qapıları ibadətə bağlanan yeganə məscid olmayıb. Yeni dövrdə yüzlərlə məscid bağlanıb və ya başqa məqsədlər üçün istifadəyə verilib, sökülüb və ya torpaqları satılıb.
Məscid bağlandıqda, içərisindəki qədim xalçalar hissələrə bölünərək, müxtəlif yerlərə paylanılıb, şamdanları isə əridilmək üçün metaləritmə zavoduna aparılıb. Məbədin lövhələri çox böyük ölçüdə olduğu üçün onları çıxarmaq mümkün olmadığından, anbarlara qoyulub. Həmin lövhələr bir də Demokrat Partiyası (DP) hökuməti tərəfindən Türkiyənin 1950-ci illərdən sonra demokratikləşdiyi zaman asılıb.
Məscid muzeyə çevrildiyi vaxt İstanbulda ilk Osmanlı universiteti olan Aya Sofya mədrəsəsi də bağlanıb. Jurnalist və mədəniyyət üzrə tarixçi İbrahim Hakkı Konyalı, bu hekayəni belə izah edir: “Mən Tan üçün (keçmişdə gündəlik qəzet) yazılar yazarkən, 1934-cü ildə arxeologiya muzeyinin memarı Kamal Altan bir hadisəni nəql edib. O, göz yaşları içində Ankaradan gələn tapşırığa əsasən, Kiçik Aya Sofya Məscidinin iki minarəsinin altına, dərinliyə endiklərini deyib. Həmin gecə, onlar Aya Sofya Məscidinin dörd minarəsini sökməliydilər. Beləliklə, mən ona ‘Minarələrin günbəzi saxladığını vurğulayan bir hesabat yazdırdım. Orada deyilirdi ki, minarələr uçurulsa, Aya Sofya dağılacaq”. Bu yazı dərc edildikdən sonra tarixi minarələri uçurmamaq qərarına gəldilər”.
Bizansda İkonoklazm zamanı (İkonaların məhv edilməsi. 726 ilə 842-ci illər arasında insanların rəsmlərin qeyri-qanuni olduğuna inandıqları bir hərəkat dövrü.) Aya Sofyadakı bütün mozaikalar qaşınılaraq, məhv olunub. Daha sonralar meydana gələn mozaikalar isə İstanbulun fəthindən sonra gips ilə örtülmüş, digərləri isə zamanla yox olmuşdu. Qalan mozaikaların əksəriyyəti isə 1894-cü ildə baş verən zəlzələdə dağılıb.
Aya Sofya muzey elan olunmazdan əvvəl bir neçə gün polis dəstəsi ilə əhatə olunub və bir çox insan məscidin muzeyə çevrilməsi üçün məhz mozaikaların bir bəhanə olduğu qənaətinə gəliblər. Buna baxmayaraq, məscid döşəmə ilə mozaikalar arasında taxta mezzanin tikilməklə mühafizə olunub. Beləliklə, Sultan Əhməd məscidinin ziyarəti zamanı olduğu kimi turistlərə də abidəni görmək imkan yaradılıb. Canlıların təsvirlərinin olduğu yerdə namaz qılmaq isə müsəlmanlar üçün fərdi məsələ hesab olunub.
Aya Sofyanın muzeyə çevrilməsindən sonra hökümətin məbədin statusunun dəyişdiyini göstərən belə bir qərarın olmadığını ifadə edən bir çox iddia irəli sürülüb və bunu o dövrün Təhsil naziri Həsən Əlli Yücelin etdiyi düşünülüb. Fərmandakı Atatürkün imzasının saxta olduğu və bu haqda rəsmi jurnalda dərc olunmadığı, heç bir rotasiya nömrəsinin olmadığı deyilib. Fərman gerçək olsa da, onun konstitusiyada göstərilən öhdəlik və təməl qanunlarına zidd olduğu bildirilib. 6.570 saylı qanunda ibadət yerlərinin başqa məqsədlər üçün istifadə edilə bilməyəcəyi bildirilib. Lakin inqilabın öz qanunları var idi. Tək partiyanın hakimiyyəti dövründə görülən bir çox işlər kimi Aya Sofya da inqilab qanunlarına görə muzeyə çevrilib.
Balkan dövlətləri arasında ittifaq sazişinin imzalanması 1930-cu illərin əvvəllərində şübhə altında idi. “Balkan Paktı” deyilən razılığa gəlincə, Atatürk, Celal Bayara belə söyləyib: “Aya Sofyanı muzeyə çevirsək, Yunanıstana böyük bir jest olardı”. Afina artıq sazişi imzalamağa hazır idi, lakin bundan sonra kompromis ətrafında böyük bir təlaş yaradıb.
1950-ci illərdən sonra, Demokrat Partiyası hakimiyyətə gəldikdə, Aya Sofyanın ibadət üçün yenidən açılması haqqında düşünülüb.
Qeyri-hökumət təşkilatları və millətçi yazarlar bu fikri dəstəkləyiblər. Həmin vaxtlarda bir qəzet yazarı olan Əhməd Emin Yalman belə deyib: “Aya Sofyanı məscidə çevirmək istəyənlərin başları əzilməlidir”. Sonralar 1952-ci ildə o, Malatyada Hüseyin Üzmez adlı bir gənc tərəfindən güllələnib. Hökumət Şimali Atlantika Müqaviləsi Təşkilatına (NATO) görə Yunanıstanı incitmək istəməyib və bu mövzuda geri addım atmalı olub.
1967-ci ildə Roma Papası VI Pavel, Türkiyəyə səfəri zamanı Aya Sofyada diz çöküb, dua etmək istədikdə, o zaman xarici işlər naziri olan İhsan Səbri Çağlayangil, “Bura nə məscid, nə də kilsədir, bir muzeydir. Burada heç bir dini mərasim keçirilə bilməz”,- deyərək, onun qarşısını almağa çalışıb. Abdulməcid tərəfindən inşa edilən sultanların məscidə gəldiyi zaman dincəldiyi Sultan Lojası, 8 Avqust 1980-ci ildə Ədalət Partiyası (AP) tərəfindən namaz qılınmaq üçün açılıb. Aya Sofyada bir daha azan oxunmağa başlanıb, lakin 12 sentyabr hərbi çevrilişindən sonra hər şey əvvəlki halına qayıdıb.
Aya Sofya 1985-ci ildә İstanbulun digər tarixi abidәlәri kimi UNESCO-nun mәdәni irs siyahısına daxil edilib.
1992-ci ildə Ana Vətən Partiyasından (ANAP) olan Baş nazir Yıldırım Akbulut, namaz qılmaq üçün Sultan Lojasını yenidən açıb. Aya Sofyanı bütünlüklə ibadət üçün açacağını vəd edəndə isə hər şey alt-üst olub. Heç kim, hətta dini şüarlar qəbul edən və fəaliyyəti Sultan Fatih Vəqfində qeydiyyata alınan keçmiş Milli Qurtuluş Partiyası (MSP) belə Aya Sofyanı namaz qılmaq üçün aça bilməyib.
